Narozen v Hořicích u Jičína, zemřel v Jaroměři. V letech 1853–1861 studoval gymnázium v Hradci Králové, v Praze pak medicínu (promoce 1867). V Lipsku navštěvoval přednášky o homeopatii; v roce 1868 odjel do Ruska (lékař a ředitel nemocnice). R. 1877 se vrátil do Čech, ale posléze odjel do Haagu získat zaměstnání jako zdravotní důstojník v holandských koloniích. Působil hlavně na Sumatře, kde vedle své práce prováděl etnografický sběr a konal přírodovědecká studia.

Do Prahy se vrátil v roce 1883, svou sbírku věnoval Náprstkovu muzeu. Cestoval po Evropě; od 80. let se plně věnoval spisovatelské tvorbě jako překladatel a vykladač ruské literatury a jako autor cestopisů, črt, literárních studií, kulturních úvah a medicínských pojednání. V této činnosti pokračoval až do konce života.

Prvními překlady ruských realistických dramat pro Činohru Národního divadla napomáhal Durdík počínajícímu pronikání světové realistické tvorby do naší dramaturgie; jeho překlady se hrály hluboko do 20. století. Ojediněle překládal i z holandštiny.

Bratr filozofa a estetika Josefa Durdíka, překladatele z ruštiny Aloise Durdíka a pedagoga Petra Durdíka.