Narozen v Borové u Přibyslavi, zemřel v Praze. V letech 1832–1838 studoval na německobrodském gymnáziu, 1838–1840 filozofii v Praze, od r. 1840 arcibiskupský seminář, odkud byl r. 1841 vyloučen. Soustavným studiem a pobytem v cizině získal rozsáhlé vzdělání a široký politický a kulturní rozhled. V letech 1843–1844 působil jako vychovatel v Moskvě; své dojmy z tohoto pobytu a kritický pohled na dobové ruské poměry vyjádřil v souboru črt Obrazy z Rus. Od poloviny 40. let 19. století se účastnil českého veřejného života.

V letech 1846–1848 redigoval oficiální Pražské noviny. Havlíčkova novinářská a politická aktivita vyvrcholila v revolučních letech 1848–1849. Od dubna 1848 do ledna 1850 redigoval Národní noviny, od července 1848 do března 1849 byl poslancem říšského sněmu. Po zastavení Národních novin vydával 1850–1851 v Kutné Hoře časopis Slovan; své zásadní politické články z let 1848–1851 vydal r. 1851 ve výborech Duch Národních novin a Epištoly kutnohorské. Za novinářskou činnost byl od prosince 1851 do dubna 1855 internován v Brixenu, kde mj. vytvořil satirické básnické skladby Tyrolské elegie, Král Lávra a Křest svatého Vladimíra. Po návratu do vlasti onemocněl tuberkulózou a záhy zemřel.

Vyhnanství a předčasná smrt učinily z Havlíčka symbol českého protirakouského odboje – "národního mučedníka". Svými básněmi a epigramy výrazně ovlivnil další vývoj české politické satiry. Překládal též z ruštiny (N. V. Gogol), francouzštiny (Voltaire) a polštiny (A. Mickiewicz). Pohřben je na Olšanských hřbitovech (II, 10, 68), Praha 3.