Narozen v Miroticích (u Písku), zemřel v Praze. Po studiích na píseckém gymnáziu a reálce navštěvoval v letech 1869-1976 Akademii výtvarných umění v Praze (prof.J.M.Trenkwald a J.Sweerts), silně ovlivněn odkazem J.Mánesa. Kromě krátké studijní cesty do Itálie (1878) žil v Praze a inspirační zdroje hledal v rodných jižních Čechách, na Hané, Valašsku, Moravském Slovácku a na Slovensku. Umělecky na něho zapůsobila také osobní setkání se Slováky, Maďary a cikány během vojenské služby (1875-1876). Byl příslušníkem tzv.první generace ND (výtvarníků, kteří byli přizváni k výzdobě budovy ND před požárem). Spolu s F.Ženíškem získal v roce 1879 první cenu v soutěži na výzdobu ND za cyklus Vlast, jímž vyvrcholila jeho raná tvorba. Dokončil jej v letech 1880-1881, ale malířské provedení mu nebylo svěřeno. O čtyři nástěnné obrazy ve foyeru ND (Mýtus, Zpěv bohatýrský, Historie, Život) vedl v roce 1884 s Ženíškem autorský spor. Alšův návrh na původní oponu neuspěl, ale po roce 1881 se autorsky podílel na oponě F.Hynaise znaky 13 českých krajů. Alšovy scénografické práce pro ND nebyly sice významné svou kvantitou, ale každé jeho tvůrčí setkání s činoherním i operním dílem zasáhlo podstatně do vývoje českého jevištního výtvarnictví. Navrhoval též kostýmy a rekvizity. Obraceli se na něj i sami herci se žádostí o návrh masek výrazně individualizovaných postav (pro A.Sedláčka vytvořil masku pro roli Moce z Jiráskova Emigranta, 1898, pro E.Vojana masku netradičně bezvousého Jana Husa ze stejnojmenné Jiráskovy hry, 1911). Alšova spolupráce s ND byla zřejmě mnohem početnější, než bylo zatím prokázáno, ale zůstala velice často anonymní. Aleš rovněž výrazně zasáhl do vývoje výtvarného charakteru českého loutkového divadla. Pohřben na Vyšehradském hřbitově (12, 60).