Po maturitě na gymnáziu v rodném Vysokém Mýtě vystudovala v letech 1958–1962 herectví na DAMU u profesora Miloše Nedbala. Na konci studií jí nabídl angažmá režisér a tehdy nově jmenovaný šéf Divadla Na zábradlí Jan Grossman. V tomto divadle prožila zlatou éru 60. let, hrála významné role v legendárních inscenacích – Antigonu v Hubálkově hře Hrdinové v Thébách nebydlí, Matku Ubu v Jarryho Králi Ubu, Lenku v Kafkově Procesu, účinkovala v Havlově Zahradní slavnosti a Vyrozumění ad. Vše skončilo po srpnu 1968, kontinuita její divadelní práce byla zpřetrhána.
V období 1970–1983 byla ve svobodném povolání – hostovala v té době např. v Národním divadle, v ústeckém Činoherním studiu (Leona v Crommelynckově Vášni jako led ad.), v Divadle VÚ v Hradci Králové (titulní Maryša ve hře bratří Mrštíků) aj. V letech 1984–1992 byla angažovaná v Divadle S. K. Neumanna (Iocasté v Králi Oidipovi, Královna Gertruda v Hamletovi, Marta ve hře Kdo se bojí Virginie Wolfové aj.). V roce 1992 se vrátila do Divadla Na zábradlí, odkud zamířila po třech letech zpět do libeňského divadla mezitím přejmenovaného na Divadlo pod Palmovkou, kde potom působila do roku 2002.
Dále hrála Irinu ve Třech sestrách v Divadle Komedie, znovu hostovala v Divadle Na zábradlí (Madelaine v Terase a Zittelová v Náměstí hrdinů), a v Divadle v Dlouhé (Varvara Stavroginová v Běsech). Za herecké výkony v posledních třech jmenovaných rolích získala tři roky po sobě (2001–2003) Cenu A. Radoka. Hostovala např. v Divadle Na prádle (Rarau v Kohoutově adaptaci Matesisova románu Psí matka; jde o monodrama), v Divadle TaFantastika (Augusta v Thomasově hře 8 žen) a v Divadle Viola (titulní role Santanelliho Královny matky) atd.
V Činohře Národního divadla už účinkovala v době svých studií (zaskakovala v roli Míly v Hrubínově Srpnové neděli a v roli Luison v Molierově Zdravém nemocném), později tu nastudovala pohostinsky Anežku v Tylově hře Krvavý soud aneb Kutnohorští havíři a na alternaci roli Katrin v Brechtově Matce Kuráži a jejích dětech (obě v roce 1970). Neznámá není ani filmovým a televizním divákům.
Marie Málková se věnuje i pedagogické činnosti, od roku 1996 učila tři roky na Vyšší odborné škole herecké, dále na DAMU, kde byla v roce 2005 jmenována docentkou.
Jejím manželem byl legendární divadelní režisér a teoretik Jan Grossman. Udělena cena Senior Prix 2015.