Narozen ve Vlašimi, zemřel v obci Mšené-lázně (u Roudnice nad Labem). Absolvoval učitelský kurz a varhanní školu v Praze (1841–1842) a byl učitelem v Jihlavě. Od 1851 studoval dvouletou houslovou třídu na konzervatoři ve Vídni, kde byl pak učitelem češtiny na akademickém gymnáziu (1853–1856), učitelem zpěvu na německé vyšší reálce (1859–1860) a vychovatelem. Zúčastnil se života české menšiny a řídil pěvecký sbor. Po návratu do Prahy (1860) se postavil proti rakouskému policejnímu režimu a byl dán pod policejní dozor. Spolu s Lukesem podnítili založení Hlaholu a Heller se stal jeho sbormistrem. Spolupracoval s dalšími spolky, působil jako učitel zpěvu na různých místech. Několikrát otevřel vlastní hudební ústav (1867, 1872, 1884–1892) a jako přítel B. Smetany s ním vedl hudební ústav od 1. 10. 1864 do léta 1865. Pracovali společně v Hlaholu i v Umělecké besedě, Heller řídil poprvé Smetanův sbor Tři jezdci a Českou píseň, z jeho podnětu složil Smetana Tři ženské sbory. Jako skladatel vynikl Heller ve vokální tvorbě. Napsal úpravy českých a moravských tanečních lidových písní. Zvlášť vynikl sestavením České Besedy (vybrané české lidové tance na popud J. Nerudy), upravené v řadový tanec tanečním mistrem K. Linkem. Poprvé byla tančena v konviktském sále 13. 11. 1862.