Narodil se ve Zlíně. Vystudoval JAMU obor činoherní režie. Po škole režíroval v Karlových Varech čínskou hru Letní sníh a pak jej pozval Juraj Deák, aby se zhostil režie Camusova Caliguly v ostravské činohře Národního divadla moravskoslezského. V Divadle Jiřího Myrona následoval Herkules a Augiášův chlév, Sladký život, Fantom Morisvillu, Heda Gablerová (účast na plzeňském mezinárodním divadelním festivalu), v Divadle Antonína Dvořáka Královna Margot, Oidipus ad. Zároveň na několik let zakotvil v Divadle Petra Bezruče jako umělecký šéf, kde režíroval celou řadu inscenací.
Kromě ostravských divadel hostoval Jan Mikulášek např. v Divadle Husa na provázku, v Městském divadle Zlín atd. V roce 2013, kdy umělecký šéf Reduty převzal vedení Divadla Na zábradlí, se Mikulášek stal kmenovým režisérem této scény. Na repertoáru Divadla Na zábradlí v současnosti nalezneme následující Mikuláškovy režie: Buržoazie, Cizinec, Europeana, Hamleti, Korespondence V+W, Posedlost, Požitkáři a Zlatá šedesátá (Inscenace roku - Ceny Alfréda Radoka 2013).
Režijní přístup Jana Mikuláška se často opírá o dramatizace románů, původní scénáře či autorské divadlo. Pracuje se střihem, s detailem, s hudebním kontrapunktem i s paralelním odvíjením dějů.