Narozen v Praze, zemřel tamtéž. Pocházel z rodiny zámožného pražského tesaře a obchodníka se dřevem. Aby mohl převzít otcův závod, studoval reálku, krátce pražskou techniku a ve Vídni se vyučil tesařem. Po cestě na zkušenou (Německo, Švýcarsko, Francie) se však věnoval především literatuře, studiu filozofie a starověkých kultur. Poté se stal vychovatelem ve šlechtických rodinách (Rusko, Praha, Německo, Švédsko, Itálie, Řecko, Turecko, Francie, Španělsko), natrvalo do Prahy se přistěhoval v roce 1899.

Záhy po prozaických prvotinách se začal uchylovat do světa mýtů, bájí a pověstí, a to jak ve veršované epice, tak v próze (cyklus Vyšehrad, Karolinská epopeja, Román o věrném přátelství Amise a Amila). Na sklonku 80. let 19. stol. vznikl nejvýznamnější, autobiograficky laděný román Jan Maria Plojhar. V poslední etapě tvorby se Zeyer sblížil se symbolisty a s tendencemi Katolické moderny (Tři legendy o krucifixu). Obdobným vývojem jako epika a próza prošla i Zeyerova tvorba dramatická. Nejprve zpracovával náměty renesančních a orientálních povídek (Stará historie, Sulamit, Bratři), později se přikláněl k českým pověstem (Libušin hněv, Šárka, Neklan) a k pohádce. Do dnešních dnů je živá jeho hra Radúz a Mahulena, natrvalo spojená s kongeniální hudbou Josefa Suka.

Je pohřben v Praze na Vyšehradě, hrob č. 56/6 (Slavín).