Narozen v Chudenicích, zemřel v Praze. Studoval na gymnáziu v Klatovech a v Plzni, nedokončil studia na lékařské a pak filozofické fakultě pražské univerzity (v roce 1946 mu Univerzita Karlova udělila titul PhDr.h.c.). Pracoval zprvu jako žurnalista v redakci Hlasu národa (1891–1894), Národních listů (1894–1898), České stráže (1894), redigoval Zlatou Prahu (1898–1904) a také Ottovu Světovou knihovnu (1897–1925).

Kvapil byl zakladatelem moderní české režie, svou uměleckou činnost začal však v oblasti literární. Jeho poezie se vyvíjela od symbolistických, dekadentně laděných veršů přes milostnou lyriku osobitější faktury k lyrice národní a k básním melancholické životní moudrosti. Pod vlivem svého vztahu k herečce Haně Kubešové (později se stala jeho ženou) obrátil trvale svůj zájem k divadlu, o kterém psal články do novin a časopisů (Zlatá Praha aj.). Zúčastnil se divadelních akcí Spolku českých beletristů Máj, jehož byl jednatelem.

S J. Vávrou, G. Schmoranzem a dalšími založil a řídil v Praze v roce 1898 výstavní divadlo Urania (později přenesené do pivovarské zahrady v Praze – Holešovicích). V tomto divadle taky prvně režíroval (anonymně). Angažoval se v úsilí o zřízení druhého samostatného českého divadla v Praze.

V roce 1900 se jako jeden z exponentů mladočeské Společnosti Národního divadla dostal do vedení ND (za ředitele G. Schmoranze a šéfa opery K. Kovařovice) a působil zde zprvu ve funkci "literárního poradce" (1900–1906), pak jako vrchní režisér a v letech 1911–1918 jako šéf činohry. Za první světové války byl členem Maffie a aktivně se zúčastnil boje o národní samostatnost. V roce 1917 inspiroval a zformuloval manifest českých spisovatelů k českým poslancům na říšské radě. Podílel se i na dalších politických akcích a zapojil do nich i ND (Shakespearovský cyklus 1916, oslavy 50. výročí položení základního kamene ND 1918).

V letech 1918–1921 pracoval jako sekční šéf ministerstva školství a národní osvěty, 1921–1928 řídil (po odchodu K. H. Hilara do ND) Divadlo na Vinohradech. V roce 1928 ho oční neduh donutil opustit soustavnou práci v divadle, kam se pak vracel jen k příležitostným pohostinským režiím. Za nacistické okupace byl v roce 1944 zatčen gestapem a až do osvobození 11 měsíců vězněn.

Kvapilovy první dramatické texty mají povahu spíše básnicky pojatých dialogů než dramatických děl vhodných k jevištnímu provedení. Úspěšná byla jeho hra Oblaka, největší obliby dosáhla veršovaná pohádka Princezna Pampeliška. V ní se mu podařilo svébytným způsobem a s básnickou i dramatickou jistotou sloučit lidovou pohádkovou tradici a secesně stylizovanou symboliku. Stylově příbuzná je i další dramatická pohádka Rusalka, koncipovaná jako operní libreto. S hudbou A. Dvořáka se stala součástí světového operního repertoáru. V Kvapilových překladech se projevil jeho zájem dramaturgický. Překládal především současné divadelní hry severské (H. Ibsen, B. Björnson), které většinou také sám režíroval.

Navazoval četné styky s evropským divadelnictvím – německým (M. Reinhardt), vídeňským, ale i francouzským a ruským (v roce 1906 zorganizoval zájezd divadla MCHAT do Prahy). 28. 10. 1998 mu byl udělen Řád TGM im memoriam. Byl manželem herečky ND Hany Kvapilové, později herečky ND Zdeny Rydlové. Pohřben je na místním hřbitově v Chudenicích (okr. Klatovy).